Rođen u Otoku Dalmatinskom 23. veljače 1948. gdje je završio osnovnu školu, a klasičnu gimnaziju u Sinju. Na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu upisao je i diplomirao jugoslavenske jezike i književnosti (A predmet) te latinski jezik i rimsku književnost (B predmet). Na istom je Fakultetu upisao poslijediplomski studij iz književnosti i magistrirao, obranom teme „Filip Grabovac i njegovo književno djelo” (1979). Doktorsku disertaciju „Književno djelo Luke Botića (Veze usmene i pisane književnosti hrvatskoga romantizma)” obranio je 1986.
Radio je neko vrijeme kao srednjoškolski profesor, a od 1984. kao asistent na Katedri za usmenu književnost pri Odsjeku za kroatistiku Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Od listopada 1987. docent je na istoimenoj katedri, a od siječnja 1992. izvanredni profesor. Uz rad na matičnom Fakultetu, od 1988. do 1992. radio je kao ugovorni profesor, tri godine kao lektor i jedan semestar kao gost-profesor na Karl-Franzens Universität Graz. Bio je pozvani gost-profesor i predavač na svim filozofskim fakultetima u zemlji te u inozemstvu: Maribor, Pečuh, Budimpešta, Mostar, Ljubljana, Krakov, Pariz, Skopje.
Tijekom Domovinskog rata, od kolovoza 1991, bio je koordinator za društvene i humanističke fakultete i umjetničke akademije pri Operativnom štabu Sveučilišta u Zagrebu za rad sveučilišnih institucija u otežanim (ratnim) okolnostima.
U akademskim godinama 1992/93. i 1993/94. obnašao je dužnost prodekana za znanost Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Bio je, po tom, dekan na Filozofskom fakultetu u dva mandatna razdoblja: od akademske godine 1994/95. do 1997/98, i naposljetku prodekan za financijska i organizacijska pitanja od akademske godine 1998/99. do 1999/2000.
Od ožujka 1997. izabran je u zvanje redovitog profesora. U trajno zvanje redovitog profesora izabran je 15. svibnja 2002. godine. Dugogodišnji je predstojnik Katedre za hrvatsku usmenu književnost na Odsjeku za kroatistiku Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Od 1998. član je Odbora za znanstveni, stručni i umjetnički rad Sveučilišta u Zagrebu.
Član je nekoliko stručnih udruga, a od 1993. do 1998. hrvatski predstavnik u predsjedništvu Međunarodnog komiteta folklorista i etnologa. Od 2000. do 2004. obnašao je dužnost voditelja Zagrebačke slavističke škole – Hrvatskog seminara za strane slaviste. Od 2004. do 2006. godine bio je predsjednik povjerenstva za Nematerijalnu hrvatsku kulturnu baštinu pri Ministarstvu kulture Republike Hrvatske, a od 2006. do 2007. član istoga povjerenstva. Od 1995. do 2008. predsjednik Upravnog vijeća Instituta za etnologiju i folkloristiku u Zagrebu, a taj mandat mu je 1. kolovoza 2009. produžen za sljedeće četiri godine. Od 1995. do 2004. bio je predsjednik Upravnog vijeća Visoke učiteljske škole u Petrinji.
Godine 2005. osmislio je i uredio Sveučilišni poslijediplomski doktorski studij hrvatske kulture na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, koji od 2008. ima trajnu dopusnicu. U akademskim godinama 2006/2007. i 2008/2009. pročelnik je Odsjeka za kroatistiku Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
Od 2007. godine član je Odbora za dodjelu državne nagrade „Ivan Filipović”. U razdoblju od 2007. do 2011. godine bio je predsjednik Hrvatskoga filološkog društva. Od 2008. do 2011. godine član je Povjerenstva za knjigu i nakladništvo Ministarstva kulture Republike hrvatske. Od ožujka 2007. član Povjerenstva za sveučilišno-nastavnu literaturu Sveučilišta u Zagrebu, a od studenog 2008. godine potpredsjednik je istoga Povjerenstva.
U lipnju 2012. na Godišnjoj skupštini Hrvatskoga filološkoga društva izabran je za predsjednika Organizacijskog odbora Šestoga hrvatskoga slavističkoga kongresa, koji je od 10. do 13. rujna 2014. održan u Vukovaru i Vinkovcima. Od 2014. godine potpredsjednik je Matice hrvatske, a na Glavnoj skupštini Matice hrvatske održanoj u Rijeci 16. lipnja 2018. godine, izabran je za njezina predsjednika i ovu je funkciju obavljao do studenog 2021.
Za svoj rad dobio je više odličja, priznanja i zahvalnica, među ostalima i medalju rada (1984) i nagradu za stručni i znanstveni rad s likom Ruđera Boškovića (1995). Za sveukupni znanstveni i nastavni rad dobio je najvišu fakultetsku nagradu, Povelju Filozofskog fakulteta u Zagrebu (2012). Od književnih nagrada najprestižnija je nagrada Judita Društva hrvatskih književnika za knjigu Biblija i hrvatska tradicijska kultura (2012) kao „najbolja knjiga o hrvatskoj književnoj baštini u 2011.”. Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti njegovoj je knjizi Povijest hrvatske usmene književnosti (2013) dodijelila „nagradu Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti za najviša znanstvena i umjetnička dostignuća u Republici Hrvatskoj za 2013. za područje književnosti”. Ista knjiga je 27. rujna 2014. dobila Juditu kao „najbolja knjiga o hrvatskoj književnoj baštini u 2013. godini”.
Temeljna je djelatnost prof. dr. sc. Stipe Botice nastavni rad na Odsjeku za kroatistiku Filozofskog fakulteta. Pored toga raznolika i plodna stručna i znanstvena djelatnost koja se ogleda i u tiskanim djelima i sudjelovanjima na uglednim znanstvenim skupovima.
U nastavnom, znanstvenom i stručnom radu pretežito se bavi kroatističkim temama iz povijesti hrvatske književnosti i kulture, posebice usmene književnost i tradicijske kulture, interakcije biblijskih tema i kulture te raznih tema iz kulturne antropologije. Njegov je rad usmjeren i na interakciju raznih vidova kulture, interdisciplinarnosti i multidisciplinarnosti u povijesnom tijeku književnosti i kulture.